熒光定量PCR使用特異性的熒光探針，該探針為一寡核苷酸，兩端分別標記一個報告熒光基團和一個淬滅熒光基團。在PCR擴增過程中，探針被酶切降解，使報告熒光基團和淬滅熒光基團分離，熒光監測系統即可接收到熒光信號，從而實現熒光信號的累積與PCR產物形成同步。